Desde ese menu no puede hacerle nada malo a tu 3ds, los únicos programas con los que podría hacerle algún daño a tu consola son: FBI, safea9lhinstaller, Hourglass, Decrypt9, Emunand9 y godmode9. Y aún si le hiciera algo a la consola con esos programas, si tienes un respaldo de tu nand (de preferencia una actual) no perderías nada.
salu2