No hace falta ni que seas tan cuidadoso, la máquina te va a reproducir la pista de audio que le pongas, dure lo que dure. Puedes cambiar las pistas de audio a tu antojo, no dejaban de ser CDDA las músicas. Y no, no es perjudicial, la máquina reproduce el audio y ni se entera del cambio.
Había gente que cambiaba la música arranged por la original de Neo Geo. Cosa de gustos.