Borras la info, por supuesto.
NTFS tiene bastantes diferencias con respecto a FAT32, pero la mas obvia para el usuario de a pie es que el tamaño maximo de archivo ya no esta limitado a 4Gb. Despues hay otras como que NTFS tiene opciones de seguridad/permisos, puedes definir el tamaño de los clusters, prevencion de perdida de datos cuando se apague el sistema incorrectamente, FAT32 antiguamente estaba limitado a particiones de 32Gb -creo que hoy en dia ya no es el caso-...
Si tienes un disco externo y tienes necesidad de copiarle ficheros de mas de 4Gb (ISOs de DVD mismo, por ejemplo) pasate a NTFS, la forma mas segura es copiando los datos a otro HD, formateando, y copiarlos de vuelta.
