Yo, si me diesen lo mismo por una que por otra en el mercado de 2ª mano, me quedaría con la de 80 GB.
El lector de tarjetas lo uso sólo de vez en cuando, y tengo uno USB que es compatible con la PS3 así que no lo echaría de menos.
No tengo juegos Jap de PS2, así que la retrocompatibilidad no la quiero para nada.
La de 80 GB consume menos electricidad y genera menos calor.
La de 80 GB tiene un lector más evolucionado (exento de defectos de juventud) y 2 años de garantía. Si te pasa algo con tu PS3 Jap te las tienes que apañar tú como puedas.
No sé, yo lo tendría claro. Pero ese soy yo. Depende de a lo que le dé importancia cada uno.
Un saludo.