Bueno, la wii u no tiene un sistema de logros fuera de las partidas individuales así que eso lo descartaría.
Lo único que se vincula al ID que yo sepa es el miiverse y todas las compras digitales que hagas, así que si no salvaste las partidas en un disco duro en su momento, mala suerte :/
Igualmente intentaría hacer el esfuerzo de contactar con Nintendo si compraste algo online con la ID vieja o la vinculaste a una 3ds, no vayas a perder juegos.
El nuevo sistema de cuentas que deberían establecer este año si tendrá guardado de partidas nube si no recuerdo mal. Lo ideal sería también que facilitaran el proceso de desvinculación de cuentas, para no tener que llamar a nintendo cada vez que se den estos casos, pero yo por si acaso no me esperaría nada.
Edit:
por cierto, recuerda que en cada consola puedes tener varios usuarios y que cada uno tiene partidas independientes. aún si te arreglan el asunto digo yo que podrías mantener ambas cuentas en la consola y terminar lo que sea que empezaras en esa cuenta provisional cuando quieras.
A no ser que por algún motivo tengan que sustituirla porque haya una "cuenta principal" en cada consola o algo así, pero vamos, que lo dudo.
Perdón si te acabo generando dudas, pero es que es un sistema extraño en algunos aspectos
El usuario de mi madre en la consola tiene acceso a todo lo que compré con mi ID, pero no se qué pasaría con los juegos que comprara ella con la suya (de hacerle una) por ejemplo o si se podrían transferir a otro lado.