En sí con el M3manager puedes extraers los .sav de los .dat facilemente:
En el M3 game manager, en la lista de juegos que están en la SD clica dos veces sobre el juego del que quieras extraer el .sav y ahí te aparecerán varias opciones entre las que está extraer .sav. Luego solo tienes que copiar ese archivo .sav a la misma carpeta en la que tienes el .nds de ese juego en el M3 real, y si por algún motivo no te funciona, cambiar la extensión .sav a .SAV (pero creo que ya no hace falta hacer esto).
En mi M3iZero funciona perfectamente este método, y es más, los .sav extraídos de esta forma tambien me funcionan en la supercard ds two.
Salu2