Por si te sirve de ayuda, yo acabo de pasar exactamente por tu misma situación, cambio de una SD de 128 Gb a una de 256 Gb. Al inicio pensé en hacer la copia con un software de clonado de discos duros (para asegurarme de hacer una copia exacta), pero por cuestión de tiempo finalmente lo hice "a pelo" copiando todos los archivos y las carpetas de la raiz de una SD a la otra, y funciona todo perfectamente sin necesidad de reinstalar ni los NSP ni nada.
Un saludo.