Tienes que editar el /etc/fstab (como root). Mira que particiones se movieron y cambia el número de partición al que corresponda.
Por ejemplo, cambiár /dev/hda3 a /dev/hda4.
Si tienes un poco de idea de linux lo editarás sin problemas, si no te sale, pon aquí tu fstab actual y un esquema de cómo están las particiones ahora (cual es cada una) y te lo aclaramos.