como tienes configurada la resolucion de la wii?
a mi en 480p hay roms que me cambia los colores, pero en 60 Hz 480i no tengo problema, tambien tendrias que ver que television es la que estas utilizando. de todas formas se espera que en la siguiente actualizacion del emu se corrigan todos estos problemas.
Por cierto he arreglado los problemas del canal smsplus con la consola inversa, y ya esta actualiado.
Un saludo.