Primero, vWii y Wii, aunque similares, no son lo mismo. No deberías seguir tutoriales de Wii sin saber si funcionan también en vWii o podrías causar un brick.
Ahora, hay dos tipos de canales:
- completos, que incluyen el .dol de una app, y por tanto no necesitas la sd.
- forwarder, no incluyen el .dol y lo único que hacen es redirigirte a una ruta específica en la SD/USB, donde debería estar el archivo .dol. Si no encuentra ese .dol, se reinicia.
Lo que has instalado para el CFG seguramente sea un forwarder y no un canal completo, de ahí que solo funcione cunado la SD está en la consola.
En cuanto al Wiiflow, si no has tocado el canal debería funcionar. Quizás se deba a que has sustituido los IOS 58 y 64 por otros. O prueba a borrar su archivo de configuración y para que cree otro desde cero.