Yo no tengo ningun juego de GBA, pero he probado la aplicacion y a mi me arranca sin ningun problema en mi AceKard 2.1. Hablo de la ultima version, la 0.21, no he probado las anteriores.
Lo que si que tengo es un cartucho EzFlash 3in1, y aunque no es realmente un juego de GBA, puedo dumpear la rom que este flasheada en el y tambien hacer copia de las partidas, claro que lo que tiene el 3in1 es SRAM no EEPROM (los juegos que usen otros tipos de bateria son parcheados al vuelo, creo, segun que herramienta de flasheado uses)
Habre de probar algun dia, si puedo, con los juegos de GBA que tiene mi primo pequeño.
Como nota a investigar, en el "leeme" del programa (en japones, claro), despues de pasarlo por el traductor de google, sale esto al final, en el apartado de historial de versiones.
V0.1 2007/12/24 EEPROM to abandon the launch.
No se muy bien como interpretarlo, la verdad, pero podria significar que se quito el soporte para eeprom a partir de la version 0.1 :S