primero que todo no son 20GB, son 20*(10^9) bytes que es distinto.
Un disco de 20GB son 20*(10^9)/(1024^3) bytes = 18,6 Giga bytes.
Segundo, al formatear el disco para HDloader puedes haber dejado un espacio para utilizarlo desde el navegador de la PS2, lo cual usa espacio (no sé cuánto, pero usa).
Tercero, los juegos usan una cantidad distinta que el peso de las imágenes en un PC de escritorio, se guardan en bloques de 128Mb si no me equivoco, y, por esta fragmentación, terminan usando más de lo esperado.
Y por último, tal vez quedó desfragmentado el disco por lo que parte del espacio queda inutilizable, así que ahí se pierde un poco más.
Sería.
Saludos.