A mi me pasaba lo mismo con Wario Ware Touched! de DS. La solución (al menos en mi caso) consiste en aplicar un parche IPS para dicho juego mediante un programa específico para aplicar dichos parches.
Sin embargo, yo tengo un M3 SD y el Castlevania me carga bien (aún no lo he ejecutado más allá de la 1ª intro, que estoy jugando el Aria of Sorrow de GBA primero). Así que no sé, ¿sólo has probado esos 3 juegos o con los demás te funciona bien? Prueba a formatear la tarjeta, actualizar el firmware a la última versión (E14), volver a pasar los juegos por el Game Manager (última versión, claro, la 2.7) y a copiarlos a la tarjeta con sus saves a ver si así va...