Sí es posible cargar juegos de GC desde tu HDD o SD con USB Loader GX, pero antes necesitas instalar Dios Mios (para cargar desde HDD) o Dios Mios Lite (para cargar desde SD) (sólo se puede instalar uno de los dos, o el Dios Mios "a secas" o el "Lite"). También tienes Devolution, que es una aplicación que se carga directamente desde el Homebrew Channel y también sirve para cargar juegos de GC desde SD o USB, aunque necesitas los juegos originales una sola vez.
Estos son los hilos oficiales de Dios Mios y Devolution, léelos y si tienes dudas postéalas en el hilo correspondiente:
hilo_hilo-oficial-diosmios-lite-dm-dml-carga-juegos-de-gamecube-por-usb-sd_1448009hilo_hilo-oficial-devolution-cargador-de-gamecube-en-modo-wii_1744079En cuanto a las isos y el WBFS manager, lo estás haciendo mal. El WBFS manager se usaría con juegos de GC en caso de que usaras WODE para cargar las isos.
Sin embargo, tanto con Dios Mios y Dios Mios Lite debes crear en la raíz de tu dispositivo una carpeta llamada games, dentro de ella debes crear una carpeta para cada juego y dentro de esta carpeta debes poner la iso renombrada a game.iso, y en caso de que sea un juego de 2 discos, el disco 1 se llamará game.iso y el disco 2 se llamará disc2.iso. O bien usas DMToolbox que crea automáticamente una carpeta con la iso ya renombrada para que sólo tengas que meterla dentro de la carpeta games que has creado antes.
Si usas Devolution, también tienes que crear la carpeta games en la raíz del dispositivo, pero puedes meter la iso directamente en su interior y renombrarla como quieras.
Por otro lado, recuerda tener tu HDD formateado en fat32, clúster de 32kb o tu SD también en fat32 con clúster de 64kb, y si tienes varias particiones creadas, la fat32 para los juegos debe ser la primera de todas.