Si lo que quieres es pasar los saves de tus originales de NDS al M3 usa el Rein, la última versión, con la tercera opción de su Menú.
Si lo que quieres, por contra, es meter partidas que tengas en formato de juegos de GBA o NDS en sus formatos correspondientes lo que tienes que hacer es seguir estos simples pasos:
1. Usa el Game Manager para escribir la rom con la opcion correspondiente del menú.
2. Una vez en la SD, pincha sobre el nombre del juego al que quieres asociar la rom, aparecerá una ventana emergente con el Save Manager.
3. Pulsa sobre el save que quieres "actuar" en la ventana intermedia "Save file Name" para seleccionarlo
4. Pulsa en Write save en la ventana inferior izquierda "General Format", aparecerá otra ventana emergente, busca en tu disco duro el save que quieras asociar (no importa que tenga distinto nombre) dale a Ok y listo, debería aparecer un mensanje diciendote Write OK.
Saludos