Haced lo siguiente con el UMDGen 2.00:
1. Abrid la ISO del juego que querais, GTA por ejemplo
2. Vais a la carpeta PSP_GAME / SYSDIR
3. Os situais sobre el archivo EBOOT.BIN le dais al boton derecho del raton, elegis la opcion Replace elegis el archivo eboot del MPHGameLoader y aceptais.
4. Pulsais en el menu principal del UMDGen File / Save y guardais la ISO.
Ya esta lista la ISO para jugarla directamente sin tener que recomponerla ni nada por el estilo, mucho mas sencillo. A mi me ha funcionado con GTA y Megaman X. Espero que os sirva. Un saludo.