Puede que el teléfono esté más preparado para repartir el calor generado por la carga mediante el puerto de carga normal pero es normal que se calienten siempre; cuando utilizaba la carga inalámbrica con el S9+, prácticamente por obligación, compré uno que solo era dejar apoyado en la base ocupando por completo toda la superficie del teléfono y que la superficie de ese cargador se llevara parte del calor generado.
Una cosa es calentarse y otra sobrecalentarse, si se calienta es normal, si se sobrecalienta es otra historia muy diferente.
Y les pasa siempre, independientemente a como lo cargues, cuestión aparte es que tú lo notes o no lo notes, pero si lo notas en exceso (sobrecalentamiento) mejor deja de usarlo.
Los vatios de ese cargador solo quieren decir que puede soportar hasta ~25W no que le vaya a pasar nada a tu teléfono con 15W que será los que tomará prestados. Y ese cargador ya te dice directamente que utilices un adaptador de corriente de "al menos 18W" para alimentarlo.