en kde solo tienes que enlazar la aplicacion que quieres arrancar en
~/.kde/Autostart
si quieres arrancarlo junto con los scripts de inicio, en gentoo en concreto tienes el fichero /etc/conf.d/local.start que el /etc/init.d/local se encarga de arrancar
No se en otras distros como funcionara, pero imagino que por ahi andaran los tiros
Saludos