Hola,
Claro que tienes que formatear el disco duro, los sistemas de archivos que
utiliza la Ps2 con el usbadvance o el hdloader, no tiene nada que ver con los
formateos de los sistemas operativos en los ordenadores.
Es decir, si tienes la Pstwo slim tienes que conectar el disco duro por usb y formatear
usando el programa usbadvance, y si tienes una Ps2 de las gruesas puedes conectarle
un disco duro IDE con el adaptador de red, teniendo que formatearlo usando el programa
Hdloader.
También es importante que compruebes las listas de compatibilidad de los juegos con
esos programas si es que lo haces por ese juego, aunque en el caso del Yakuza creo
que funciona bien con los dos sistemas.
Sobre todo lo demás hay información y tutoriales a punta pala en el foro.
Saludos.