Los archivos .elf los puedes poner donde quieras, normalmente si es dentro de la memory card se meten en la carpeta BOOT, ya luego con el configurador de Ulunchelf les asignas la ruta que tu quieras para que aparezcan integrados en el menú original de PS2...ya sea un HDD, MC, DVD, USB
Para no saturar la memory card, ya que normalmente son de 8 MB, búscate un pendrive de 128MB a 1GB (yo recomiendo tarjetas M2 de Sony por USB) y metes ahí todos los archivos .elf, teniendo solo en la memory card los .elf básicos.
Respecto a lo de los juegos ESR y Swap Magic...No te recomiendo parchearlos para que funcionen con ESR, es un proceso pesado si tienen muchas ISOS no parcheadas.
Existe una versión de Swap Magic , tanto DVD como CD en formato .elf, concretamente la v3.3.
Ejecútala y recarga el TOC con un disco original PS2 de gran volumen (ej. Devil May Cry) y haz "swap" con el backup que siempre has usado...
También existen otros programas parecidos a Swap Magic como: Zone Loader 0.5b.
Si hay algún backup que no puedas cargar con este método, lo parcheas para ESR.