No estoy seguro de que BootCamp te permita arrancar el windows desde un USB yo no lo he probado pero si te puedo decir que a mi no me deja instalar windows en el disco duro thunderbolt y sin embargo si puedo tener instalado OSX y trabajar desde el como si un disco duro interno fuese, es más te estoy hablando desde un imac que lleva 1 año con un SSD externo instalado y funciona de maravilla pero sin embargo no me permite elegirlo para instalar Boot Camp solo te deja seleccionar el interno del IMAC.
Así que lo unico que se me ocurre es que tengas instalado el windows ya en un disco duro externo y con ALT pruebes a bootearlo desde el MAC a ver si te deja.