El tema del Nnid tiene mucha tela, en principio no necesariamente el agujero pueda estar por tenerla vinculada.
Por ejemplo aquellos que por alguna causa hubiesen instalado aplicaciones o sistemas no muy legales en las 3ds o Wiiu esas aplicaciones pueden estar programadas para leer nuestras cuentas o claves que hubiésemos registrado, eso de no la he conectado esas aplicaciones suelen llamar a enlaces, al final nunca se sabe lo que hacen o el fin que tienen.
Aunque no se hubiese vinculado, generalmente si coinciden los mismos correos electrónicos con el nuevo sistema y ya de momento tienen ese dato... a partir de ahí teniendo el correo de la víctima (es decir la cuenta) solo les falta la clave y si la víctima usa la misma pues vosotros mismos, y si no la usa usan medios para tratar de conseguirla.
De todas formas si por alguna causa si tenían las claves antiguas de los NNID mediante los dichosos homewares que se instalaron es muy posible que con esos datos hubiesen entrado en las antiguas bases de datos de Nintendo, pero no de sus métodos de pago que o bien están en recaudo en otros servidores o se trasladaron esos datos cuando implantaron los nuevos sistemas en la Switch.
Lo que si está claro que quienes compartían la misma cuenta de correo con el nuevo sistema y el antiguo es posible que tengan este problema (no necesariamente la clave nueva, pero si su correo)