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La carpeta apps va en la raíz de la SD, y dentro de la carpeta apps van las carpetas con las aplicaciones por separado... no se donde está el problema... un ejemplo de como tienes que hacer
-Raíz
--apps
--- SNES
---- boot.dol
---- icon.png
---- meta.xml
--- Backuploader
---- boot.dol
---- icon.png
---- meta.xml
Creo que quedó bastante claro, si te falla alguna aplicación busca soluciones lógicas como usar otra versión de la aplicación etc...