Hmmm, yo ejecutaría directamente el comando grub y entonces teclearía los siguientes comandos:
root (hd1,0) <---- aqui le dices que el fichero de configuración esta en la primera partición del segundo disco duro
setup (hd0) <---- y aqui que instale el arranque en el primer disco duro
quit <----- y sal
Y despues editaría el fichero /boot/grub/grub.conf y le pondría:
default 0 <---- si no tocas nada que arranque el primer sistema
timeout 10 <----- pero espera 10 seg antes de eso.
title=Windoze <----- nombre del primer sistema
root (hd0,0) <----- esto es la primera partición del primer disco duro
chainloader +1 <------ que le pase el control al arranque de windoze
title=Linux <----- nombre del segundo sistema
root (hd1,0) <------ esto es la primera partición del segundo disco duro
kernel (hd1,0)/boot/vmlinuz root=/dev/hdb1 <--- esto le indica donde esta el kernel, he puesto que está en /boot/vmlinuz pero no se donde está, suele estár ahí o directamente en la raiz como vmlinuz.
Y en teoría ya funcionaría con eso.
¿No tiene knoppix algo para hacerlo automático? ¿O es que no te reconoce que está en el segundo disco duro?