Has usado emuladores cierto? Pues es lo mismo que los emuladores cuando usan ddraw, Direct3D, OpenGL, sdl, etc... Unos manejan directamente los sprites en memoria y compone a la salida de video, otros usan un plano construido de 2 tris para trabajar. No es como que los juegos en realidad sean un mundo 3D trabajando en vista ortografica, con los actores siendo planos o cubos con los sprites aplicados como textura, mas bien, el 2D es aplicado como textura a ese unico plano. Pero no es 2D falso.