Prueba a pasarlo al HDD de la consola, a ver si continúa al problema.
Hace un par de años pasé mi colección CDA al HDD de mi antigua FAT y me pasaba lo mismo en algunos discos, o directamente no los cogía.
Cuando me compré la Slim pude pasar discos que con la FAT no podía, por lo que creo que puede ser un fallo de lectura del lector de la consola que será "exigente" con algunos discos.