Algunos programas para parchear soportan el formato de imagenes de Nero -.NRG-, deberias de revisar y creo tambien las Cue/Bin.
Otra opcion seria crear la imagen con Nero, montar esta en el dispositivo virtual NeroImageDrive y hacer una copia con DVDDecripter en modo ISO para que te de una Imagen ISO estandar compatible con los programas de parche.
Otra es usar PS2Reality CDGenPS2 para crear una imagen ISO o Cue/Bin o si es DVD, usar el Nero con compilacion ISO/UDF Nivel1, crear la imagen y hacer lo de ImageDrive/DVDDecripter o usar SONY CD-DVD Generator y con Apache crear la imagen ISO a partir de la hoja *.IML que crea el generator.