La de Redhat es más "standard" (o sea, más reconocible a nivel laboral) pero también es probablemente más cara. No se qué precio tiene la LPI pero para la de Redhat si no recuerdo mal el nivel más básico te sale mínimo por unos 400€ (suponiendo que sólo vayas al examen y no hagas cursos, si no se te puede ir fácil a cerca de los 2000€).
Una de las razones por las que la certificación Redhat es reconocida (aparte de por el nombre) es porque todos los exámenes son prácticos. Nada de tests de esos de seleccionar la respuesta correcta: te ponen delante de una máquina y tienes que completar las tareas en el tiempo asignado. O sabes o no sabes, no tienes el comodín de responder al azar por si suena la flauta, así que teniendo en cuenta la pasta que cuesta cada examen te interesa llevarlo muy muy preparado.