Actualizar el OS no afecta para nada al certificado salvo que fallara algo en dicha actualizacion, cosa que a mi en bastantes años haciendolo nunca me ha pasado.
Pero igualmente lo mejor es tener una copia en otra parte, es muy facil, vas a privacidad-certificados (no recuerdo si es asi la ruta), seleccionas el certificado en cuestion, le das a exportar, te pedira que le pongas una clave y seleccionas donde lo quieres guardar y listo.