Eso es porque la transferencia de datos no es constante y al ir a "trompicones", se producen chasquidos (no me explico muy bién, ya lo sé). El caso es que eso que te pasa se llama jitter, y para asegurarte que no te pase, porque quizás tu lector desde el que extraes es algo viejo, usa el programa EAC, que puedes descargar de aquí. Con él podrás hacer extracciones de audio limpias, perfectas, pero es lento, aunque ya sabes, quien algo quiere, algo le cuesta...