respondiendo así, a lo rápido:
las páginas se generan dinámicamente, es decir, las páginas cambian cada vez que se piden, a diferencia de las páginas estáticas, que siempre son iguales.
El tiempo es el que ha tardado el servidor en generar la página. El porcentaje de MySQL es el porcentaje de dicho tiempo tardado en consultar la base de datos, y el porcentaje php el que tarda en ejecutar el código php. Los queries son las consultas realizadas a la base de datos.