Hasta donde tengo entendido, cada uno cumple una funcion diferente.
El cIOS de Waninkoko es para casi todas las aplicaciones en general (Como Backup Launcher, USB Loader, y demas) mientras que el de Hermes es para el Uloader, un cargador de USB que aparentemente tiene mejor compatibilidad para dispositivos USB y que se basa en tres IOS diferentes para lograrlo, mientras que el de Waninkoko solo en uno.
Tambien hay un cIOS especifico para el Mplayer CE, por si no lo sabias.
Opinion aparte, el titulo del post suena medio ofensivo, ambos son grandes sceners y han ayudado mucho, no se trata de ver quien es el mejor, ambos se han focalizado en tareas diferentes.
Ojo, es todo mi opinion, puedo equivocarme
SAludos!