Para el certificado digital y aplicación de autofirma no necesitas lector de DNIe, tan solo tener el certificado digital instalado y ya está.
Cada uno es libre de hacer lo que quiera y como quiera vaya, pero estar detrás de una contraseña, de una aplicación, un lector de dni que yo no he visto uno en mucho mucho años o literalmente tener que instalar una máquina virtual con un sistema operativo viejo... es que no lo veo vaya, porque tan solo te sacas el certificado digital y te quitas del 99% de los problemas vaya. No tienes que hacer nada, tan solo iniciar sesión con certificado digital y eliges el tuyo y ya está.