yo suelo usar la clave pin movil. en su dia lo registré para hacienda y siempre ha funcionado, pero para los tramites con vivienda con la clave pin no se puede firmar. pide la permanente, y me detectaba como registrado pero me daba error con la contraseña. tuve que rehacer codigo de activacion y contraseña, en el 060 te indican las paginas donde te tienes que meter para hacerlo. y funciono perfectamente.
con el DNI electronico nunca he sido capaz (ni v1, ni v3, ni ostias) y tengo certificado digital en vigor, pero en segun que paginas de la administracion falla mucho (en la de empleo de mi CCAA, por ejemplo, daba error siempre).
asi que mi consejo: clave pin al movil y clave permanente. it works.