Usa Scaling. Es OBLIGADO usar Scaling (o bien Scroll) para poder jugar a los juegos de NES en GBA correctamente. Quizás SÍ se ven bastante mejor que el PocketNES, aún así, en mi opinión el de Loopy tiene muchas más opciones que el oficial.
Los puedes encontrar por internet, hay un parche para la ROM del eReader que te permite jugar a los juegos. No pongo la URL porque contiene material ilegal. También puedes encontrar las ROMs de GameCube que se pasan a GBA mediante el cable, en formato .MB. Son mucho mejor ya que no necesitas la ROM del eReader.