Si estás clonando dos discos duros, entonces el contenido íntegro del origen (exterior) se reproducirá en el destino (interior).
A no ser que lo que quieres tú es hacer una imagen del disco duro origen (exterior). En cuyo caso sí, podrás crear una carpeta en el disco duro interior con un único (y grotesco) archivo que será el contenido del disco duro origen.