Yo cloné el contenido de un disco duro de un Tera que decia se iba romper a otro nuevo de la misma capacidad...se clonan exactos,incluidas las particiones que tengan..(en mi caso eran 3),,se le puede decir que tambien copie el arranque para que luego sirva para que arranque tambien el SO.
Si el disco duro clonado se va a utilizar con el mismo PC o en otro con la misma combinación de Hardware no hay problema en su funcionamiento..
solo recomiendo no arrancar el PC con los 2 discos duros,cuando ya están clonados,cuando hubiera acabado el proceso,desconectar el disco fuente o que diga que se va a romper y dejar solo para arrancar el nuevo...Se pueden dar conflictos al poner los 2 a la vez de esta manera por ser exactamente iguales,hasta las letras de unidad...y se puede fastidiar el arranque del disco nuevo,por lo que estando solo despues ya no funcionaria.
El programa que yo recomiendo para esto es gratuito y se llama Clonezilla....Una vez bajado se graba la ISO de la que se trata a un disco CD,se arranca desde BIOS,usando la opción del boot para que lo 1º que ejecute sea la unidad de CD,con el disco ya puesto...se cargará el programa...se trata de seguir las instrucciones...al terminar prefiero la opción 0.(apagar el PC),,asi puedo quitar la alimentación y sacar el HDD viejo,para arrancar solo el nuevo y comprobar que todo está ahi.