es mas facil esto:
ve c: archivos de programa segun el SO que uses. Carpeta emule copias las siguientes carpetas a un disco externo o memoria USB:
carpeta config completa asi no tendras que reconfigurar el emule una vez instalado vas a la carpeta emule la copias o la pegas. no tendras que tocar nada de config estara todo como lo tenias antes de formatear.
carpeta temp y incoming haces lo mismo que la anterior lo volveras a tener todo como antes del format
no tiene ningun secreto simplemente salva esas 3 carpetas y cuando tengas el emule nuevo instalado las copias o cortas a su directorio.
esperp haberte sido de ayuda.