Si te va Linux, una forma de clonar HDs que va de periquete y es super simple sería conectar ambos HDs al PC, arrancar Linux. Identificar ambos discos y hacer un cat entre dispositivos. Simple como un cubo pero tremendamente eficaz :P , algo asi como:
hdb: Disco Duro PS2 a clonar
hdc: Disco Duro virgen
root@server:/root> cat /dev/hdb > /dev/hdc
El proceso puede llevar tiempo, dependiendo del tamaño del HD, pero al final tendras una copia exacta.