Confirmo que se pueden pasar partidas y aplicaciones como ya han comentado.
Yo probé a hacer lo mismo con el FreeMcBoot y no se puede porque crea un montón de archivos dummys y te llenan la memory de destino en nada (bueno en mucho tiempo porque es lento de narices), a parte de que llevará un sector 0 (mbr) como los pendrives, discos duros, etc y ahí dejará lago de información que no podrás copiar.
Lo mejor es iniciar el instalador del freemcboot y hacerlo desde 0 con su formateo y todo.
Si lo que tienes es solo una memory con el freemcboot inicia el .ELF del instalador y cuando ya esté iniciado saca la memory en la que ya lo tienes y mete la otra para hacer todo, pero ya te digo que tienes la opción de elegir la memory donde lo quieres instalar y a demás es más rápido que copiando y pegando.
Espero que sea esto a lo que te refieres.