Bueno, generalmente la activación suele tomar de referencia el hardware del ordenador pero no el disco duro. Ahora, no conozco al 100% todos los entresijos de las activaciones de Windows así que, por mi parte, no te puedo asegurar plenamente que si clonas en otro disco duro la instalación no se te vaya a desactivar; yo, personalmente, estoy convencido de que no va a pasar nada pero vete tu a saber.
Quizás lo más conservador es lo que comenta TRASTARO, llama a Microsoft y que te comenten y así sales de dudas.