[contestando a Anzuan ]
No tiene ninguna incidencia en la imagen el que cambies el directorio donde se guarde la imagen, ya que si fuera así, el Clone no te permitiría hacer el cambio. Todo se debe sin duda a que durante el proceso de creación de la imagen se ha deslizado algún error de lectura, por lo que la copia ha salido defectuosa.
En cuanto a la pregunta que ha hecho nexus 6 , la respuesta es sí y no. En realidad, cuando se modifica la imagen hecha por el Clone, ya no se trata de una copia 1:1, es decir, ya no es idéntica al original, y obviamente, cuando quieras actualizar el juego con un parche oficial, no podrías hacerlo ya que el ejecutable no es el original (en teoría). No existe ningún programa que te permita crear un nuevo directorio en la imagen para insertar el parche dentro del mismo. Sin embargo, sí puedes insertar el parche sobreescribiendo el original dentro de la imagen, y eso mediante el CD Mage en su última versión (la b5), que tiene además la facultad de cuadrar el nº de bytes del parche para ajustarlo al tamaño del ejecutable original. Esta facultad permitiría (no lo sé a ciencia cierta) aplicar las actualizaciones oficiales si es que la rutina de instalación del parche comprueba el tamaño del .exe, realizando la actualización en caso de que la comprobación fuera o.k.