El CloneCD es, como su propio nombre indica, un programa para clonar CD's (incluido protecciones), y el Nero es un programa más completo, pero más complejo de usar que CloneCD. Nero se utiliza para montar CD's, aplicar parches, etc.
Mi opinión es que se use CloneCD para copiar CD's (te ahorras lo de los parches) y, Nero para lo demás.
Ten en cuenta también que estos no son los únicos programas que existen, y hay gente que prefiere otros: CDRWin, Easy, DiscJuggler, etc.
Saludos.