El metodo es el siguiente, tienes que tener las 2 .iso en la misma ruta de la SD.
Como usas el Metal Gear puedes llamar las isos mgs-disc1.iso y mgs-disc2.iso por ejemplo, despues cargamos el disco 2 y despues una partida del disco 1. El juego pide el disco 1. Abrimos y cerramos la tapa de la cube y carga la partida sin problemas