Yo en fluxbox lo hago de una manera muy poco ortodoxa (en gnome me funcionan las teclas de función)... Lo que hago es cargar mpd (Music Player Daemon) al iniciar el sistema y luego usar mpc para subir o bajar el volumen.
Seguro que no es la manera más elegante de hacerlo pero a mi me va bien, además siempre uso Sonata como reproductor así que no me importa que se inicie mpd cada vez que enciendo el ordenador.
He probado con amixer y a mi sí que me funciona correctamente, simplemente he escrito amixer set Master 10%+ y ha subido un 10% el canal. ¿Qué error te suelta?
PD: Olvida lo de mpc, amixer debería de funcionar, de hecho voy a cambiar mis atajos por este que he puesto...
Saludos:).