En IN.ELF pones el nombre completo -esto es con extension- del archivo que vayas a usar del HDL/HDA Unpack.
Out.ELF es el nombre que quieres que tenga el archivo del HDL/HDA ya con el parche.
En /Options pones las opciones que requires, p.e. si deseas que tenga el soporte de 48Bits para el LBA de dsicos de mas de 120GB, estas opciones generalmente vienen como letras, para el caso que te mencione de discos grandes la opcion es la L, por lo que pondrias /L.
Las opciones van de N, C, S, B, F, etc y aparecen junto a su descripcion cuando solo das el comando en el promp c:\hdlpatch.exe {en este caso el ejecutable esta en el disco C:}
Asi si pones p.e. \hdlpatch /c /L UnpHDL.ELF HDL_Parcheado.ELF
Obtendras un archivo del HDL parcheado con las opciones de compatibilidad nuevas y soporte a 48bits y de nombre "HDL_Parcheado.ELF"
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¡HA!, por cierto, se me olvidaba, lo de [FILE] es solo para que entiendas que se refiere a archivos cuando pone INFILE.ELF y OutFILE.ELF y nada mas, por eso vienen entre corchetes.