Bueno en este caso lo unico que nos importa aqui es el save (ya que el juego lo podemos volver a descargar sin problema)...
Asi que lo recomendable seria pasar los datos a la SD de mas capacidad (lo recomendable es pasar de la que tenga mas juegos y aplicaciones) y desde ahi re-descargar las aplicaciones que no tengas en ese SD (en tu caso solo seria el MH) de la tarjeta donde tienes este juego solo copia el save (que tendra terminacion SAV) a la SD grande (recuerda no borrarlo hasta estar seguro que todo este en orden)
Como tu save esta con tu data (de la misma consola) NO deberia de darte problemas de nigun tipo..
P.D este sistema lo aplique para hacerme de todos los pokes raros del Pkmn Dream radar ya quie si me equivocaba slo reemplazaba el save y como si nada hubiera pasado..