Es lo que comento, un cheque y un pagaré son prácticamente indistinguibles. Lo que ocurre es que en el pagaré pone "Pagaré" por arriba (no tiene por qué ser encima del todo ni muy grande) y además tienes la fecha de vencimiento que en el cheque no tienes.
Un ejemplo:
La diferencia entre unos y otros es que el cheque se considera pagadero inmediatamente (ojo, que la fecha de abajo del cheque y el pagaré también importa... pero para otras cosas de las que no estamos hablando) y el pagaré será pagadero a partir de la fecha de vencimiento.
Para un banco la operativa y manera de tratar un cheque y un pagaré ya vencido son idénticas, por eso me extraña que te cobren por uno y por otro no.
Otra cosa es un pagaré todavía no vencido, que hay que "negociarlo". El banco te adelanta el dinero a cambio de unas comisiones, pero eso es una operación de activo similar a un préstamo y te habrías dado cuenta (tienen que estudiar tu perfil, el del emisor del pagaré, etc).
Por otro lado, hay entidades que no cobran por ingresar los cheques (y pagarés vencidos) por cajero y sí en ventanilla.