Es mejor que tomes tus progresos, digase savestates, saves.srm, fotos y demas cosas.
Ha una nueva configuracion con el nuevo retroarch, porque cambian muchas cosas desde esa version, como por ejemplo, los cores solo guardan la config necesaria para su funcionamiento, sin clonar toda la configuracion de retroarch en si.
Para que todo se te haga mas facil, inicia retroarch, muevete a la segunda opcion, al inicio, luego dale abajo, hasta encontrar "Directory". Aqui, en windows, crea las carpetas necesarias, como pueden ser: saves, savestates, photos, configs, autoconfigs, cores, etc etc.
Cuando termines de eso, guardas la configuracion de retroarch.
Cierra retroarch y ya puedes comenzar a descargar los cores que necesites, y estos iran a parar a la carpeta que le dijiste en la configuracion de retroarch.
Si crees que es dificil, mira este
tutorial que hize hace algunas semanas atras, solo fijate en las imagenes y cambias las rutas por las de windows.