Si no te dedicas a instalar software fuera de los repos y a dar permisos a todo script que veas por internet mas alla de los de tu usuario, no debes estar preocupado. Si cada vez que haces algo bajo terminal, usas "sudo", deberias ponerte un antivirus aprueba de ti mismo.
Con respecto a la actualización, si actualizas, conservarás tus configuraciones y si, actualizará solo lo que tienes instalado y sus respectivas dependencias. Si no has tocado mucho de tu actual distro, te aconsejo que la instales en limpio, es decir, formateando.
